南京市第二医院创建于1933年，为原中华民国国立传染病医院。1996年由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院合并，定名为"南京市第二医院"。如今医院专业设施完善，技术力量雄厚，医疗设备，是集医疗、教学、科研为一体的江苏省三级医院，也是全省规模大的肝病专科医院，南京市属的肿瘤医院。现任院长赵伟博士是江苏省传染病学科带头人，江苏省医学领军人才。医院是江苏省传染病诊疗技术中心，江苏省传染科质量控制中心，江苏省中西医结合肝病研究中心，东南大学医学院附属医院。医院设有肝病内科、外科、妇产科、儿科、感染病科、中西医结合科、ICU重症监护室、人工肝治疗中心、肿瘤科（南京市肿瘤医院设在该院）、消化科、骨科、性病科、介入放射和放疗科、肝病检测中心、体检中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊、动宠物咬伤防疫门诊、性病门诊等。传染病科为江苏省重点学科，传染内科为江苏省临床专科，肝病内科、中西医结合科、感染病科、肝病检测实验中心为南京市专科。
