黑龙江省医院南岗院区座落在哈尔滨市南岗区果戈里大街，医院总建筑面积40000平方米，设有住院部、门诊部。医院设有心内一科、心内二科、神经内一科、神经内二科、呼吸内科、内分泌科、泌尿外科、普外科、脑外科、骨外科、周围血管病科、妇科、整形外科、医学美容科、眼科、耳鼻喉科等科室，皮肤性病科通过国家CDC验收，成为我省首家规范化性病示范门诊，担负着黑龙江省急重症抢救任务的黑龙江省急重症抢救中心也座落在南岗院区。2011年又成立了归属于急救中心的综合性ICU---重症医学科，实现了由普通的急诊模式向急诊与危重症医学兼顾，以危重症医学为主的模式转换。
